Sim, você pode escolher quais aplicativos deseja abrir na inicialização. Quando estiver na página de inicialização (etapa cinco), você poderá percorrer os aplicativos e decidir quais deseja abrir automaticamente ao fazer login.
Você também pode impedir a abertura de aplicativos com o Gerenciador de Tarefas. Para fazer isso: Entre no Gerenciador de Tarefas > Selecione Inicialização > Selecione Aplicativos no painel lateral. A partir daqui, você verá uma lista de todos os seus aplicativos e se o lançamento na inicialização está ativado ou desativado. Para impedir a inicialização de um aplicativo habilitado, basta selecionar o aplicativo e escolher Desativar no canto superior direito.